اما یک سال و چند ماه بعد و در همان روزهای اول آغاز به کار دولت یازدهم، احسان آقایی از سمت سرپرستی موزه هنرهای معاصر استعفا کرد. نامه استعفای آقایی توسط اصغر امیرنیا که در آن زمان مدیریت اداره کل هنرهای تجسمی را برعهده داشت، تایید شد. بر اساس صحبت‌های امیرنیا، در این نامه آقایی دلیل کناره‌گیری‌اش را شرایطی عنوان کرده بود که ادامه کار را برایش غیرممکن می‌کرد. علی مرداخانی، معاون هنری وزیر ارشاد دولت یازدهم در ابتدا با استعفای آقایی موافقت نکرده بود، اما آقایی بر استعفای خود اصرار داشت.
آخرین نمایشگاه مهمی که در زمان سرپرستی آقایی در موزه هنرهای معاصر برگزار شد، نمایشگاه جنبش سقاخانه در روزهای پایانی مرداد ماه امسال بود. آقایی جنبش سقاخانه را منسجم‌ترین جنبش هنری ایران و پاسخی خودجوش به مدرنیزه شدن محض هنر در کشور دانسته بود که حدود 20 سال در صدر جریان‌های هنری کشور قرار داشت.
آقایی همچنین در نشست خبری این نمایشگاه گفته بود که بخش ویژه ترمیم آثار هنری ایرانی موزه هنرهای معاصر، زیر نظر فرزین بنکدار تاسیس شده است و آثاری که در بدترین وضع ممکن به این موزه امانت داده می‌شود، پس از ترمیم به صاحبان آن بازپس داده می‌شود، اما متأسفانه بسیاری از نهاد‌های دولتی که بخشی از آثار هنری کشور را در اختیار دارند و البته آن آثار را در وضع و شرایط بدی نیز نگهداری می‌کنند، حاضر به امانت‌سپاری آثار به موزه هنرهای معاصر نیستند.
علاوه بر این برگزاری برخی از نمایشگاه‌ها که دلیل برگزاری آن‌ها الزام مدیران و جنبه ملی و حاکمیتی آن‌ها عنوان می‌شد و از کیفیت لازم برخوردار نبودند، باعث بی‌اعتمادی و بی‌رغبتی برخی از هنرمندان برای همکاری با موزه شده بود. این نمایشگاه‌ها به گفته احسان آقایی در شأن موزه هنرهای معاصر نبودند و ربطی به سیاست‌های موزه نداشتند و الزام مدیران برای برگزاری آن‌ها باعث به وجود آمدن این وضعیت شده بود.
وضعیت مبهم مدیریت موزه هنرهای معاصر باعث شد برخی از برنامه‌هایی که در زمان ریاست آقایی برای موزه تدارک دیده شده بود، بی‌نتیجه بماند. به عنوان مثال زمزمه‌هایی برای برگزاری نمایشگاهی از آثار استیو مک‌کوری، مشهورترین عکاس مستند اجتماعی، شنیده می‌شد که ناتمام ماند.
موزه هنرهای معاصر؛ گنجینه‌ای بی‌نظیر در پایتخت
موزه هنرهای معاصر که در حال حاضر یکی از واحدهای معاونت امور هنری وزارت و فرهنگ و ارشاد اسلامی است، به عنوان یکی از مراکز مهم هنری پایتخت، فعالیت فرهنگی خود را از سال 1356 آغاز کرد. این موزه در ابتدا به عنوان محل مشخصی برای نمایش آثار هنری مدرن ساخته شد. همان سال‌های نخست تاسیس موزه، دولت آثار هنری بسیاری را با نظر کارشناسان هنری از آمریکا و اروپا خریداری کرد. در آن زمان پول خرید این آثار از سوی شرکت ملی نفت ایران و سازمان برنامه و بودجه تامین می‌شد.
حتی معماری منحصر به فرد خود موزه نیز مجموعه‌ای از سنت، مدرنیسم و مفاهیم فلسفی است. در این معماری از بادگیرهای یزد تاثیر گرفته شده است. هشت نگارخانه موزه که با اختلاف سطحی خاصی نسبت به هم بنا شده‌اند، بیننده را در مسیری چرخشی گرداگرد فضای اصلی موزه می‌گردانند؛ این مسیر به گونه‌ای طراحی شده است که انتهای هشتمین و آخرین نگارخانه به هشتی یا همان نگارخانه اول باز می‌شود.
گنجینه‌ای از آثار هنرمندان بزرگ جهان از دهه 1870 میلادی در این موزه نگهداری می‌شود که به گفته بسیاری از کارشناسان این گنجینه یکی از ارزشمندترین گنجینه‌های هنری جهان است. این مجموعه یکی از مهم‌ترین مجموعه‌های خارج از اروپا و آمریکا به شمار می‌رود. در واقع این مکان از زمان تاسیس خود، مهم‌ترین و جامع‌ترین مجموعه‌ی هنر غربی در قاره آسیا را نگهداری می‌کند. مجموعه‌ی دائمی موزه از حدود 3000 اثر ارزشمند تشکیل شده است. در کتابخانه تخصصی موزه نیز هزاران عنوان کتاب در زمینه‌های معماری، نقاشی، طراحی، ارتباط تصویری، عکاسی و صنعت سینما وجود دارد.
آثار ارزشمندی از هنرمندان پرآوازه مانند کلود مونه، پل گوگن، پابلو پیکاسو، کامیل پیسارو، ونسان ونگوگ، کیس وان دونگن، ادوارد مونش، مارک شاگال، خوآن میرو، لوئیس والتات، واسیلی کاندینسکی، مارسل دوشان، ژرژ رنو، فرنان لژه، ژرژ براک، رنه ماگریت، سالوادور دالی، ویلم دکونیگ، مارک روتکو، اندی وارهول، هنری مور، مارینو مارینی، آلبرتو جاکومتی، امبرتو بوچینی و ... در سبک‌های مختلف در موزه نگهداری می‌شود.
آثار این موزه همواره جزو آثاری بوده‌اند که موزه‌داران جهان برای امانت گرفتن آن‌ها با یکدیگر رقابت داشته‌اند. به عنوان مثال اثر «طبیعت بی‌جان و باسمه ژاپنی» اثر پل گوگن و تابلوی «نقاش و مدلش» اثر پابلو پیکاسو (اثر کوبیسمی خلق شده در سال 1927 و یکی از مهم‌ترین آثار پیکاسو) که به گنجینه موزه تعلق دارند، از مهم‌ترین و باارزش‌ترین آثاری هستند که بارها برای نمایش در اروپا به امانت گرفته شده‌اند.
در گنجینه ایرانی این موزه نیز، آثاری از کمال‌الملک، کمال‌الدین بهزاد، احمد اسفندیاری، محمود جوادی‌پور، مسعود عربشاهی، غلامحسین نامی، محسن وزیری‌مقدم، کوروش شیشه‌گران، پرویز کلانتری، عباس سعیدی، بهمن محصص، صادق بریرانی، جعفر پتگر، سهراب سپهری و... نگهداری می‌شود. همچنین بیش از یکصد برگ از شاهنامه مشهور شاه طهماسب که ارزش مالی زیادی دارد، در این موزه نگهداری می‌شود. یکی از برگ‌های این کتاب در یک حراج جهانی به قیمت 12 میلیون دلار فروخته شد.
شیوه نگهداری آثار در این گنجینه ارزشمند به باور صاحب‌نظران و کارشناسان در شرایط مساعدی از نظر دما، نور، رطوبت و....قرار دارند که تقریباً می‌توان گفت چیزی در حد استانداردهای جهانی است، هر چند با کیفیت مطلوب و استاندارد جهانی اندکی فاصله دارد. همچنین در فضای سبز اطراف این موزه مجسمه‌ها و تندیس‌های معروفی از هنرمندان مختلف ایرانی و خارجی نصب شده است. هشت گالری موزه نیز محل نمایش آثار هنرمندان مختلف است و بخش «سینما تک» که با هدف نمایش فعالیت‌های موزه‌های هنرهای معاصر جهان فعالیت می‌کند.
موزه هنرهای معاصر تهران از زمان تاسیس خود با خرید آثار ارزشمند هنرمندان نامی دنیا، نام خود را بین مراکز معروف هنری جهان بر سر زبان‌ها انداخت. مرکزی که باعث شد نام ایران به عنوان یکی از کشورهای دارنده‌ی آثار مدرن هنری غرب در آسیا، بالاتر از سایر کشورها قرار بگیرد. اکنون و با گذشت چند ماه از آغاز دولت یازدهم، هنوز حرکت تازه‌ای برای بازگرداندن استقلال این مرکز و حفظ جایگاهش در دنیا انجام نشده است. آیا موزه هنرهای معاصر تهران تا چند سال آینده در فهرست 10 موزه برتر دنیا باقی خواهد ماند؟