این شرکت از ابتدا با سهام 100 درصد دولتی و متعلق به راه‌آهن فعالیت می‌کرد سپس در راستای تحقق اصل 44 قانون اساسی، بر اساس مصوبه هیئت وزیران و به استناد ابلاغیه سازمان خصوصی سازی از تاریخ 26/12/1388 همه حقوق مالکانه شرکت رجا، به سازمان تأمین اجتماعی بابت رد دیون دولت واگذار شد.
درحال حاضر نیز این شرکت می‌کوشد در زمینه‌های مختلف مدیریتی، طراحی، مهندسی، برنامه ریزی، پژوهشی، بهره‌برداری، خدمات‌رسانی و تعمیرات و با استفاده از امکانات موجود، شرایط مطلوب‌تری را برای مسافران فراهم آورد.
شرکت قطارهای رجا بزرگترین شرکت حمل و نقل مسافری ریلی در کشور است و بیش از 65 درصد ناوگان مسافری کشور را در اختیار دارد.
27 مردادماه 1388 بود که ناصر بختیاری مدیرعامل شرکت رجاء شد.
بختیاری در کارنامه خود معاون استانداری کهگیلویه و بویر احمد و مدیریت بخش‌های مختلف شهرداری تهران را داشت. پیش از بختیاری، اسدالله کریمی رئیس هیات مدیره و مدیرعامل شرکت قطارهای مسافری رجا بود که بعد از انتصاب به عنوان مدیرعامل منطقه آزاد کیش، صندلی مدیرعاملی رجا را به بختیاری سپرد.
گفته می‌شود به زودی نیز سید حسن موسوی نژاد، با دریافت حکمی از سوی مدیرعامل شرکت سرمایه‌گذاری تأمین اجتماعی (شستا) جایگزین ناصر بختیاری می‌شود.
موسوی‌نژاد در حال حاضر عضو هیئت مدیره انجمن صنفی ریلی است و پیش از این سابقه مدیرعاملی شرکت مهتاب سیر جم، معاون مالی و اداری راه آهن، معاون برنامه‌ریزی راه آهن، مشاور مدیرعامل و مدیرکل دفتر برنامه و بودجه راه‌آهن و مشاور وزیر راه و ترابری وقت را در کارنامه خویش دارد.