قانون با اشاره به سرنوشت خانواده شهید مصطفی خمینی نوشت :امروز سی و چهارمین سالگرد شهادت حاج مصطفی خمینی است، «مرگ مشکوکی» که انقلابیون آن را شهادت نامیدند و مراسم چهلم آن زنجیرهای از اعتراضات را رقم زد که به انقلاب بهمن ۱۳۵۷ انجامید.
همسر حاج مصطفی خمینی، دختر مرتضی حائری است که اکنون برای مداوا به سوئیس رفته است. اولین فرزند مصطفی خمینی دختری به نام محبوبه بود که به جهت ابتلا به مننژیت درگذشت. مریم خمینی دومین دختر حاج مصطفی خمینی است. تحصیلات دکترا دارد و اکنون در سوئیس به شغل پزشکی مشغول است.
تنها پسر مصطفی خمینی، حسین نام دارد. او از ابتدای انقلاب به فعالیتهای سیاسی پرداخت، فعالیتهایی که با خط انقلابیون پیرو خط امام زاویه داشت و اینگونه شد که امام خمینی به او نامه نوشت و به او گوشزد کرد که جوانى براى همه خطرهایى دارد که پس از گذشت ایام انسان متوجه مىشود. حسین خمینی بعد از فوت امام(ره) وارد سیاست شد و حتی در سال ۱۳۸۳ به ایالات متحده آمریکا و عراق سفر کرد و دیدارهایی هم در آن کشور داشت اما از سال ۱۳۸۴ به کشور برگشته است و اکنون در قم زندگی میکند.
حاج آقا مصطفی فرزند دیگری هم داشت که یورش ناگهانی مأموران ساواک در روز ۱۳ دی ۱۳۴۳ به منزل امام برای دستگیری حاج آقا مصطفی سبب ترس و وحشت همسر او شد که با سقط جنین و از بین رفتن فرزند چهارم ایشان همراه بود.