براساس بیانیه مشترک صادر شده در 10 نوامبر 2013 در تهران، وزیران خارجه دو کشور در مورد مباحث ذیل مذاکره کردند:
- تاکید در مورد اهمیت گفت‌وگوی مقامات عالی‌رتبه و مشورت‌های منظم دوجانبه
- استقبال از تلاش‌هایی که اخیرا جهت تقویت همکاری در زمینه محیط زیست و اجرای پروژه‌های گوناگون، از جمله پروژه حفاظت دریاچه ارومیه، انجام شده است.
- تایید مشورت‌های فرهنگی دوجانبه جهت تقویت تبادلات فرهنگی روشنفکرانه و انسانی
- تایید همکاری در زمینه‌های قضایی و تمایل به نهایی کردن پیمان دوجانبه در مورد انتقال محکومان در اسرع وقت.
موضع‌گیری وزیران دو کشور در مورد مباحث منطقه‌یی و بین‌المللی:
- از اجرای منظم برنامه اقدام مشترک ایران و 3+EU3 استقبال کرده و تمایل خود به تلاش بیش‌تر جهت دستیابی به یک راه حل جامع در مورد مبحث هسته‌ای را ابراز کردند.
- تاکید بر اهمیت نقش سازنده در مباحثی نظیر ثبات خاورمیانه، تامین قانونمندی، نداشتن موانع تجاری، آزادی و امنیت کشتیرانی
- عزم راسخ برای جلوگیری از اشاعه سلاح‌های کشتار جمعی در شمال شرقی آسیا و خاورمیانه
- استقبال از تلاش‌های بین‌المللی جهت عاری کردن خاورمیانه از سلاح اتمی و سایرتسلیحات کشتار جمعی
- قدردانی از مشارکت ژاپن با جمهوری اسلامی ایران در ارائه قطعنامه "علیه خشونت و افراطی‌گری" در مجمع عمومی سازمان ملل متحد در سال 2013 و حمایت ایران از نقش سازنده ژاپن به عنوان یک عضو این سازمان
- تاکید بر تمایل به همکاری نزدیک در اتخاذ اقداماتی علیه قاچاق مواد مخدر، کمک به ظرفیت‌سازی جهت کنترل های مرزی در افغانستان و استقبال از تعهدات ژاپن در این زمینه.