وی با بیان اینکه بهترین دوران مدیریت در وزارت علوم دوران دولت اصلاحات بود، اظهار داشت: در دوران پایانی دولت اصلاحات دکتر توفیقی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری بود. سیاست روشن و رو به جلوی ایشان وضع جدیدی را در دانشگاه‌ها ایجاد کرده بود.
فرجی‌دانا تاکید کرد: استقلال دانشگاه‌ها دستپخت فکری ایشان است و حقیقتا مدیریت وی راه روشنی را در دانشگاه‌ها به وجود آورد.
وی با اشاره به اینکه در این 71 روز نیز شاهد نشاط در دانشگاه‌ها بودیم، افزود: این دوره را می‌توان دوره برگشت نشاط به فعالیت دانشگاه‌ها قلمداد کرد.
فرجی دانا اضافه کرد: در این یک سال بنده اکثر وقت خود را صرف مطالعه کرده بودم. از این رو تفاوت تغییر را می‌توانستم شاهد باشم. به نظر من در این مدت جان تازه‌ای در دانشگاه‌ها افتاده است.
وی وزارت علوم را پیشگام توسعه علم و فناوری دانست و با تاکید بر حفظ حرمت علم و عالم، گفت: توفیقی یکی از چهره‌های عالم و دانشگاهی است که عمر شریف خود را صرف ارتقای ایران عزیز کرده است.
فرجی دانا در ادامه سخنانش از اعضای ستاد و کارکنان وزارت علوم تقدیر و تشکر کرد و خطاب به آنها گفت: امیدوارم با وحدت و همدلی این بار سنگینی که برعهده گرفته‌ایم به پیش ببریم.
وی همچنین تاکید کرد: بنده دست یاری خود را به سوی روسای دانشگاه‌ها دراز می‌کنم. در راهی که در پیش رو گرفته‌ایم باید با همدلی همه عزیزان حرکت کنیم.
فرجی دانا در پایان سخنانش بار دیگر از رئیس جمهور و نمایندگان مجلس تشکر کرد و گفت: از رئیس جمهور به خاطر حسن ظن‌شان به بنده و از نمایندگان مجلس به خاطر رای اعتمادی که دادند تشکر می‌کنم. خداوند نگهدار همه شما و ایران اسلامی باشد.