وزیر علوم در خصوص برخی اخبار درباره نارضایتی هیئت امنا و هیئت موسس دانشگاه آزاد از عملکرد برادرش در این دانشگاه، تصریح کرد: "آنها همیشه مباحثی دارند و اگر هم مدتی نداشتند بنا به مصالح بود که نداشتند، آنها از ابتدا با آمدن فرهاد به دانشگاه آزاد موافق نبودند و در همان لحظه نخست که آمدن فرهاد مطرح شد، درگیری هم آغاز شد، در جلسه هیئت امنا 5 نفر موافق و 4 نفر مخالف حضور برادرم بودند و این 4 نفر مثلاً می خواستند رای خود را به زور بقبولانند، شورای عالی انقلاب فرهنگی هم فرهاد را با رای بالا تایید کرد."
وی ادامه داد: "هیئت امنای آن زمان چندان با این انتصاب همسویی نداشت هر چند من یادم می آید آقای هاشمی در جلسه هیئت امنا اعلام کردند گزینه اولش برای دانشگاه آزاد، فرهاد است و حتی آقای جاسبی هم همین را گفت اما چرا بعداً گزینه هایشان تغییر کرد، خب تغییر کرد دیگر."
کامران دانشجو درباره تمایل برادرش برای رسیدن به پست ریاست دانشگاه آزاد، تاکید کرد: "فرهاد خودش تمایل نداشت رئیس شود، اینکه می گویند فرهاد با تمایل خودش به دانشگاه آزاد آمد بی انصافی در حق وی است در حالیکه برادرم با کراهت کامل به دانشگاه آزاد آمد."
وزیر علوم، تحقیقات و فناوری سپس به بیان ماجرای قبول تصدی ریاست دانشگاه آزاد از سوی برادرش پرداخت و در این باره، گفت: "جلسه هیئت امنای دانشگاه آزاد در عصر چهارشنبه 21 دی ماه 90 برگزار شد، از آقای محمدیان ( رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها) بپرسید، تا ساعت 5 عصر سه شنبه در جلسه ای که داشتیم هر چه به فرهاد اصرار کردیم قبول نمی کرد و می گفت محال است بپذیرد؛ بالاخره من برادرش هستم و با من خصوصی تر هم صحبت می کرد، به من از یک هفته پیش گفت: "تو دیگر به من فشار نیاور، من به تو نمی توانم نه بگویم چون برادر بزرگتر من هستی، خواهش می کنم به من نگو که مجبور نشوم به تو نه بگویم". هر چه می خواهید اسمش را بگذارید اما در خانواده ما یک فضای سنتی حاکم است، من هم این موضوع را رها کردم اما آقای محمدیان و سایر عزیزان هم هر چه در جلسه سه شنبه به وی اصرار کردند قبول نکرد. تا اینکه من با یک نفر دیگر که مد نظر و اتفاقاً همان روز در مشهد بود و از دوستان بسیار بسیار خوب ما به شمار می آید تماس گرفتم و موضوع را مطرح کردم و به او گفتم فرهاد که قبول نمی کند و شما هم که به عنوان یکی از گزینه ها مطرح هستید، اگر ما شما را به عنوان گزینه مورد نظرمان در هیئت امنا مطرح کنیم، اشکالی ندارد؟ این شخص گفت: "فرهاد اولی تر است بر من. اما اگر قبول نمی کند، من قبول می کنم". ما روی این گزینه به توافق رسیدیم و دیگر فرهاد گزینه ما نبود، به هر حال سه گزینه داشتیم که اولی فرهاد بود و بعد دو نفر دیگر، فرهاد که نپذیرفت با گزینه دومی به توافق رسیدیم."
وی در ادامه افزود: "با خودمان هماهنگ کردیم فردای رای گیری در هیئت امنا، این شخص را به عنوان گزینه خودمان معرفی خواهیم کرد. تا اینکه ساعت 6 یا 7 بعدازظهر سه شنبه تماسی با فرهاد داشتند. پس از آن فرهاد را در اتاق استراحتم که یک سجاده هم همیشه در آن پهن بود، دیدم که داشت در حال نماز خواندن گریه می کرد، به حال خودش رهایش کردم و بعد از گذشت ده دقیقه آمد پیش من و گفت: "باشد، من احساس می کنم این یک وظیفه است و قبول می کنم، حالا که وظیفه است می روم و سعی می کنم درست هم انجام دهم و از اینجا به بعد هر چه اتفاق افتد به نظر من زیباست".
کامران دانشجو در ادامه با مطرح کردن برخی انتقادها از سوی مخالفان فرهاد دانشجو، گفت: "در این راه، کم اذیتش نکردند و واقعاً به اعتقاد من اداره دانشگاه آزاد از وزارت علوم سخت تر است، 30 سال یک نفر با یک شیوه یکسان مدیر بود که من نمی خواهم بگویم این مدیریت درست یا غلط بوده بلکه حتماً متناسب با زمان خودش بوده اما نیاز به تغییر داشت، اینها که مدام داد "دانشگاه مستقل باشد دانشگاه متمرکز نباشد" می زنند، باید بدانند که تمام واحدهای دانشگاه آزاد از یک جا و با یک نفر هدایت می شد. با این حال شورای عالی انقلاب فرهنگی به این نتیجه رسیده بود که نیاز است در اساسنامه و مدیریت دانشگاه تغییری برای پویایی بیشتر دانشگاه ایجاد شود."
عضو هیئت امنای دانشگاه آزاد درباره این موضوع که مطرح شده رئیس جمهور از تغییر جاسبی پشیمان است، تصریح کرد: "من در هیئت دولت هم مطرح کردم که این حرف یک دروغ بزرگ است و نمی خواهم حاشیه درست کنم، این موضوع را برای اینکه ثبت شود در دولت مطرح کردم و بیرون هم نیامدم داد بزنم، مطلبی که روزنامه وابسته به دولت نوشته بود یک دروغ بزرگ بود و من نمی دانم چرا این روزنامه در ماههای پایانی دولت دهم بنا بر کوبیدن وزرای احمدی نژاد گذاشته بود؟ ما دیده بودیم که در زمان اصلاحات، دولت درون دولت نقش اپوزیسیون را برای نظام بازی کند. اما اینکه ارگان دولت علیه برخی وزرای دولت باشد و مداحی چند نفر را بکند ندیده بودیم. حتی باز هم در جلسه هیئت دولت مطرح کردم که این ارگان، دیگر متعلق دولت نیست، این موضوع هم با کوبیدن خانم دستجردی آغاز شد. ما هنوز در دولتیم اما مدام علیه ما دارند می نویسند."
دانشجو بار دیگر با تاکید بر اینکه فرهاد دانشجو با میل خودش به دانشگاه آزاد نیامد، گفت: "فرهاد احساس وظیفه کرد و اینکه چگونه این احساس را کرد نمی دانم و با راز و نیاز با خداوند آمد."
وی در پاسخ به این سوال که چرا به جای رئیس هیئت امنا برای فرهاد حکم ریاست دانشگاه آزاد را امضا کرد، گفت: " بماند برای تاریخ که چرا من حکم زدم اما یک روز حتماً این ماجرا را تعریف می کنم که چرا این اتفاق افتاد و بنا نبود اینطوری شود وقتی کار تمام شد چرا حکم نزدند چرا به من نیابت دادند که حکم بزنم هر چند اساسنامه حکم می کرد که وزیر علوم از سوی رئیس جمهور نیابت دارد که حکم بزند."