به گزارش صراط، این استاد دانشگاه همچنین درباره رابطه فعلی دولت با قوه مقننه می‌گوید: واقعیت تاسف برانگیزی که جای فکر دارد، این است که دولت و مجلس هیچگاه نخواستند یا نتوانستند به زبان مشترکی برسند، آن هم در شرایطی که مدیریت مطلوب کشور لازمه‌اش هماهنگی و همنوایی دستگاه‌های مختلف است. نکته قابل تاکید این است که در نظام جمهوری هم قوه مقننه جایگاه بالایی دارد و هم قوه مجریه به عنوان متولی اصلی اجرای قانون از اهمیت فوق‌العاده‌ای برخوردار است. به همین دلیل ایجاد فضای بدون تنش لازم است. با این وجود شواهد نشانگر این است که فضای اخیر بین دولت و مجلس پر از تنش و چالش است و حتی گاهی اوقات مشاهده می‌شود که کمر همت را برای تخریب هم بسته‌اند و از هیچ کوششی در این راه دریغ نمی‌کنند.
آحوندی همچنین ادامه می‌دهد: این شرایط در حالی است که هزینه‌های گزاف اختلاف، به طور مشخص نمایان‌گر شرایط است و هیچ وقت نمی‌تواند پدیده‌ای غیر جدی تلقی شود. مخصوصا زمانی که این موقعیت در شرایط حساس پیش آید. اینکه قوه‌های مجریه و مقننه تا به آن حد اختلاف نظر داشتند به صورت کاملا طبیعی نگرانی‌هایی را در خصوص تصمیم‌گیری‌ها و همچنین اجرایی شدن برنامه‌ها به وجود آورد و در نتیجه حتی می‌توان گفت مردم را نسبت به مسئولینی که با رای خودشان عهده‌دار مسئولیت‌های مهم شده‌اند، دلسرد نمود. پس هم بر دولت و هم بر مجلس واجب بود و از این پس هم خواهد بود که منطق‌مداری را در اولویت قرار بدهند تا کشور و البته مردم با آسیب‌های جدی مواجه نشوند.
این استاد دانشگاه همچنین با اشاره به رفتاری که احمدی‌نژاد در جایگاه رییس قوه مجریه در قبال قوه مقننه از خود به نمایش می‌گذارد، گفت: متاسفانه شاهد بودیم که چندی قبل رییس‌دولت به خود اجازه داده و گفت که شرایط تغییر کرده است و به نوعی دنبال این بود تا این ذهنیت را که مجلس مهم‌ترین نهاد نظام است را از اذهان عمومی پاک کند و دولت را مهم‌تر از قوه مقننه بداند، در حالیکه هر کدام در جای خود اهمیت دارند و اینطور قیاس کردن‌ها تحرکی غلط و البته آسیب رسان است. همچنین باید توجه داشت که این نوع اظهارنظر در شرایطی مطرح می‌شود که شرایط سیاسی فقط با تغییر ساختار حکومتی تغییر می‌کند و وقتی یک «نظام» ی همچنان بر اساس یک قانون اساسی مشخص به حیات خود ادامه می‌دهد، کسی نمی‌تواند از تغییرات گسترده سخنی به زبان آورد.
محمود آخوندی همچنین با اشاره به نفش پر اهمیت مجلس در نظام جمهوری اسلامی یاد آور شد که در ایران هر تصمیم بزرگ و کوچکی که لازم به نظر می‌رسد، توسط مجلس گرفته می‌شود و دولت و ارگان‌های دیگر نمی‌توانند و نباید تلاش کنند تا به نوعی نظرات خود را در قانون‌گذاری اعمال کننند. البته مشورت و همفکری بحثی جداگانه است و همه باید در کارهای مربوط به حوزه فعالیتیشان به نظرات مشورتی، نه دخالتی دیگران ارزش قایل شده و اهمیت بدهند. این با دخالت یا بی‌توجهی به جایگاه نهادهای دیگر قابل قیاس نیست.
وی سخناش را با این اظهارات به پایان برد. «با وجود این تاکیدات متاسفانه شاهد این هستیم که دولتی‌ها چون اداره مملکت را برعهده خود می‌بینند، گمان می‌کنند که تشخیصشان بهتر از تصمیم‌گیری‌های مجلس است و به همین دلیل سعی دارند تا هر آنچه می‌خواهند را عملی کنند و به همین دلیل در این راستا کاری ندارند که رفتار‌هایشان امکان دارد کشور را با مشکل مواجه کند. به هرحال هیچ کس نمی‌تواند بی‌توجهی به جایگاه مجلس را در نظامی که یک نظام پارلمانی است، نادیده بگیرد.