به گزارش ایسنا، با وجود ارزش و قدمت تاریخی مسجد زواره، اما مراقبت از آن به‌درستی انجام نمی‌شود؛ براساس اطلاعات منتشرشده از اداره میراث فرهنگی استان اصفهان، حدود سال ۱۳۵۹ بخش‌هایی از این مسجد شامل گچ‌بری‌های نفیس بر اثر بی‌توجهی تخریب شد و به جای آن سالن اجتماعات ساخته شد. مسجد پامنار دارای هفت محراب تزیین‌شده با گچ‌بری‌های نفیس بود که سه محراب آن زیر گچ پنهان کرده بودند و شبستان زیرزمین مسجد نیز پر شده بود، فقط یک محراب از این مسجد باقی مانده بود.
سال ۱۳۹۷ پس از اعتراض مردم زواره نسبت به وضعیت این مسجد و خرابی آن، اداره میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری شهرستان اردستان برای احیا و بازسازی آن به سبک قدیمی اقدام کرد و با انجام مطالعات باستان‌شناسی و بیرون آوردن دو محراب تخریب‌شده و همچنین حذف الحاقات در سالن جدید مسجد، دو محراب زیر گچ رفته در آن سالن نیز به‌دست آمد و در حال حاضر هر شش محراب در مسجد قابل مشاهده است. مسؤلان محلی میراث فرهنگی بعدها، تکمیل ساختمان مسجد پامنار زواره را وابسته به تامین اعتبارات ملی دانستند.
حالا، پس از گذشت سه سال از احیای بخش‌هایی از مسجد پامنار، احمد محیط طباطبایی ـ رییس ایکوم ایران (کمیته ملی موزه‌های ایران) ـ که زواره زادگاه پدرش میرسیدمحمد محیط طباطبائی پژوهشگر ادبی، مورخ، منتقد و ادیب معاصر ایران است، تصاویری را از این مسجد سلجوقی در اختیار ایسنا قرار داده که نشان‌دهنده تخریب تدریجی و شاید ناآگاهانه این مسجد است.
بخش‌هایی از بام مسجد پامنار که بیش از ۹۸۰ سال قدمت دارد، ایزوگام شده است. محراب مسجد که گچ‌بری‌های نفیس و پرکاری دارد و تا کنون با وضعیت نسبتا خوبی بر جای باقی مانده بود، به خاطر نصب بنر، با میخ سوراخ شده است. بالای یکی از محراب‌ها نیز ساعت دیجیتالی بزرگ و روی دیوار خشتی کناری آن کولر و تلویزیون نصب شده است.
از مسجد پامنار پس از تخریب سال ۵۹، تعدادی ایوان، یک شبستان و چهار محراب، یک صحن و یک مناره به ارتفاع ۲۱ متر با کتیبه برجسته به خط کوفی باقی مانده است.
بافت زواره دارای تک بناهای بسیار شاخص از دوره‌های پیش از اسلام تا دوره‌های معاصر است که خانه‌های تاریخی منحصر به‌فرد، مسجد پامنار، مسجد جامع، حسینیه بزرگ و کوچک، بازار تاریخی، قلعه سنگ بست و یخچال و آب‌انبارهای خاص از شاخصه این بافت تاریخی است. سال ۱۳۹۸ میراث فرهنگی اصفهان عملیات مرمت بافت زواره را با مبلغی بالغ بر ۱۰۰ میلیون تومان، پیش از فرارسیدن فصل سرما انجام داد، اما این روزها بخش‌هایی از آن بافت رو به تخریب است.
